Aucun problème pour mettre deux disques dur. Attention toutes fois, les vieux disques sont branché en IDE et il peut arriver qu'une carte mère n'est qu'un port IDE et qu'il sert au lecteur DVD.
Mais avec les nouveaux disques en SATA, aucun problème. En effet les cartes mères ont toutes au moins 4 ports SATA.
Le mieux est effectivement d'utiliser un disque pour FS et un autre pour Windows.
Une autre solution consiste à utiliser deux disques dur de même capacité et de même marques est de les faire communiquer entre eux, on les met alors en RAID.
Sinon pourquoi pas acheter un disque RAPTOR à 10 000 tr\min. Cela revient un peut plus chère mais propose une bonne alternative si tu tens à utiliser un seul disque dur.
En espérant avoir éclairci le sujet...
Quentin